曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病。
但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。
曾国藩在治军方略上苦费心机，主张用儒家学说治军，即用封建伦理纲常去教育官兵，以仁礼忠信作为治军之本去陶冶官兵。
他的目的就是要以此来维系军心，培植出一支完全绝对服从于自己的私家军队，所以他认为，“用兵者必先自治，而后制敌。”
曾国藩的军事思想好影响了几代人，且不说其同时代的湘、淮将领以曾国藩为楷模，就是其后的很多资产阶级军事家对曾国藩治军方略也推崇备至。
张之洞、袁世凯等在甲午战后采用西法编练新军时，还采纳了曾国藩治军的许多做法。
民国军事家蒋方震在他的《国防论》中赞赏曾国藩是近代史上“一个军事天才家”，还说凡领军者都应该效法曾国藩。
蒋某人明确表示要师承曾国藩，要求军队中的将领必须“认清历史，效法曾胡”，曾国藩治军最重视精神教育，尊崇曾国藩的“爱民为治兵第一要义”。
曾国藩一生奉行程朱理学，但对于程朱之学并未盲目崇拜，事实上，他对于宋明儒学其他支派的思想亦多所汲取，宋明理学实际上分为气学、理学和心学三个学术派别。
曾国藩在政治实践和军事斗争中也渐渐地看到了程朱理学“指示之语，或失于隘”、或“病于琐”、或“偏于静”的局限。
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