但与正一灵宝诸派有所不同的是，上清派更加强调存想专精，并以之作为修道行法的关键。
所传的《上清大洞真经》、《黄庭经》，都是以存想为主的修炼功法体系。
在存思基础上，又派生出各种隐遁变化，飞奔三天的道术。
古时的茅山派高道大多有较高文化素养，故对于传统符咒不仅一般沿用，也注意加以理论说明。
例如林希在九叔书房所看到的一些茅山前辈所著的书，唐朝的司马承禎，他在《修真精义杂论_符水论》中云：“夫符文者，云篆明章，神灵之书字也。
点画有所象，故神气存焉；文字有所生，故服用朱焉。夫水者，元气之津，潜阳之润也。有形之类，莫不资焉。
故水为气母，水洁则气清；气为形本，气和则形泰。
虽身之荣卫自有内液，而腹之臟腑亦假外滋。既可以通腹胃，益津气，又可以导符灵，助祝术。”
茅山派的符咒、法水除了抓鬼降妖之外，还广泛应用于修真和治病、驱邪之中。
宋以后，上清派道土吸取内丹思想以充实自己道法理论，如南宋上清大洞玄都三景法师萧应叟曾用内丹思想注释《度人经》。
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